依据项目区分理论，结合农村基础设施经济特性而划分的种类，可以将农村基础设施项目区分为可经营性项目、准经营性项目和非经营性项目。不同类型项目的农村基础设施，其公共性和经营性有着显著不同，据此确定其经营权和所有权的分配，进而在引入PPP模式时采取不同的管理模式。
可经营性项目
以农业基地、农村供水、农村通信为代表的可经营性农村基础设施，运营时会具有一定的收益，且受益主体明确，经营收费能够覆盖投资成本，项目拥有较强的市场竞争性，市场化程度高。据此可将其所有权和经营权进行分离，其经营权可以完全交给市场，通过市场来优化资源配置。私人部门通过明确的使用收费机制，或是经营产生的收益，收回投资成本和获取利润。政府公共部门通过提供政策法规和管理机制，负责规划、组织、管理、监督和协调，以确保该市场健康有序运行。当然，这些可经营性项目在发挥其经济效益的同时，鉴于其仍然具有公益性，因而在项目建设和运营中也要始终注重其公共安全性和环境保护问题，注意促进社会福利的增长。
准经营性项目
以农村水电、农田水利、农村文化为代表的准经营性基础设施，是农村生产生活发展的重要基础。这些基础设施项目一般具有一定的公益性，社会效益突出，外部效应明显，所需资金量大，沉没成本高，投资收益稳定，并具有一定程度的营利性，但经营收费不足以覆盖投资成本，需政府补贴部分资金或提供资源。这类基础设施项目直接关系到农民生产生活的切身利益，且社会效益明显，作为提供公共服务职能的政府而言，需要承担起公益性投入的责任，因而其所有权归政府所有。同时这类基础设施受益主体较为明确，也都具有一定的营利性，因而可以通过市场化运作吸引社会资本投入，并将特许经营权授予私人部门，使其在一定的经营年限内获得合理的投资回报。尽管这类基础设施均具有一定的可市场化程度，但各自的社会外部效应差异明显，经济效用分割性迥然不同，因而在公私合作具体模式上应该有着不同的制度安排。
非经营性项目
以农村学校、农村道路和农村垃圾为代表的非经营性农村基础设施，由于有着极强的公益性质，缺乏“使用者付费”的基础，难以产生经济效益，但社会效益明显，作为提供公共服务的政府部门，理应成为承担其建设任务的主体。但限于政府财力不足和农村发展需求的现实，可以根据不同项目内容，政府可以提供积极的鼓励和优惠政策，激励私人部门从社会责任角度参与建设，并尽可能在社会影响方面对私人部门带来积极作用。在具体管理模式，可以采用模块化外包中的管理外包与服务外包的形式，或者委托私人部门进行经营维护(O&M)，政府公共部门支付一定费用，以充分发挥私人部门管理优势和竞争活力，获得令人满意的服务。
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